Sejarah Sekolah

  Sekolah ini yang dahulunya dikenali sebagai Sekolah Menengah Sains Melaka telah didirikan di kawasan berbukit dengan ketinggian 121.9 meter dari aras laut. Keluasan asalnya ialah 12.9 hektar. Sejarah sekolah ini telah bermula pada tanggal 5 Januari 1973. Pada tarikh ini, seramai 120 orang pelajar Tingkatan 1 terdiri daripada 80 orang pelajar lelaki dan 40 orang pelajar perempuan sebagai perintis telah ditempatkan di Sekolah Menengah Munshi Abdullah, Batu Berendam, Melaka sementara menunggu bangunan sekolah ini siap. Oleh kerana bangunan Sekolah Menengah Sains Muzaffar Syah ini lambat disiapkan pelajar-pelajar tersebut telah dipindahkan ke Sekolah Menengah Sains Johor di Kluang pada tahun berikutnya.

Pada 3 Januari 1976, seramai 120 orang pelajar Tingkatan 1 telah ditumpangkan sekali lagi di Sekolah Menengah Munshi Abdullah. Mereka telah ditempatkan di Sekolah Menengah Sains Muzaffar Syah, Melaka pada 10 Mei 1976. Pada tahun 1978, dengan kerjasama Unit Matrikulasi Universiti Kebangsaan Malaysia (UKM) sekolah ini telah diberi kepercayaan untuk menjalankan Kursus Matrikulasi , satu kursus intensif setahun untuk pelajar-pelajar Universiti Kebangsaan Malaysia. Kumpulan pertama pelajar-pelajar Kursus Matrikulasi ini terdiri daripada 102 orang pelajar yang didatangkan dari seluruh tanahair. Tingkatan 6 dihentikan dan kelas Matrikulasi UKM disambungkan semula dengan memulakan Kelas Matrikulasi Sains Kejuruteraan.

Pada Oktober 1983, sekolah ini yang nama asalnya Sekolah Menengah Sains Melaka telah dengan rasminya bertukar kepada Sekolah Muzaffar Syah, mengambil sempena nama Sultan Muzaffar Syah iaitu Sultan Melaka yang ke-empat. Perasmian pertukaran nama ini telah disempurnakan oleh Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri Melaka, Tun Syed Zahiruddin bin Syed Hassan.